Setelah kick-off, rangkaian Piala Presiden Esports 2020 akan bergulir ke tahap kualifikasi, baik kualifikasi regional negara-negara Asia Tenggara, maupun kualifikasi nasional di Indonesia.
Final kualifikasi di Thailand akan berlangsung 19 Oktober 2019. Final kualifikasi di Vietnam pada 26 Oktober 2019. Final kualifikasi di Malaysia dan Singapura akan berlangsung masing-masing 14 dan 15 Desember 2019. Sementara final kualifikasi di Filipina dan Kamboja masing-masing berlangsung pada 21 dan 22 Desember 2019.
Tahap kualifikasi nasional sendiri akan dibagi menjadi dua wilayah, yaitu Indonesia Timur dan Indonesia Barat. Final kualifikasi Indonesia Timur diadakan di Surabaya pada 11-12 Januari 2020 dan final kualifikasi Indonesia Barat diselenggarakan di Bandung 18-19 Januari 2020.
Sementara babak Grand Final Piala Presiden e-Sports 2020 akan mempertemukan semua juara final kualifikasi. Babak tersebut akan dilangsungkan pada 1-2 Februari 2020 di Jakarta.
