Pemain dapat memilih salah satu dari dua belas karakter yang tersedia — Mario, Luigi, Putri Peach, Putri Daisy, Toad kuning dan biru, Toadette, Nabbit, dan empat jenis Yoshi — untuk menjelajahi Kerajaan Bunga.
Tujuan utama adalah menyelesaikan level, menghindari musuh seperti Goomba dan Piranha Plants, serta mengumpulkan Wonder Seeds yang tersebar di setiap level.
Game juga memperkenalkan berbagai power-up baru yang inovatif.
Deretan power-up mencakup buah gajah yang mengubah karakter menjadi gajah, bunga gelembung yang memungkinkan pemain menembakkan gelembung untuk menangkap musuh, dan jamur topi bor yang memungkinkan karakter menggali ke dalam tanah atau langit-langit.
Fitur paling unik adalah Wonder Flower, yang memicu efek aneh dan tak terduga dalam permainan, seperti pipa yang menjadi hidup, gerombolan musuh yang muncul, atau perubahan pada penampilan dan kemampuan karakter.
