Maersk McKinney Møller pensiun pada tahun 1993 ke posisi ketua, menekan Jess Soderberg untuk posisi CEO. Perusahaan terus mengembangkan sayap pelayarannya ke seluruh dunia, termasuk mengakuisisi East Asiatic Co, spesialis pelayaran kapal, dan membentuk perjanjian kerjasama pembagian kapal dengan Sealand Amerika Serikat, anak perusahaan CSX Corporation, pada tahun 1991.
Perjanjian itu diperpanjang menjadi aliansi global pada tahun 1995. Selanjutnya, pada tahun 1999, para mitra mengumumkan bahwa Maersk telah mengakuisisi Sealand.
Pada tahun yang sama, Maersk telah meningkatkan bisnis pengiriman peti kemasnya dengan mengakuisisi Safmarine Container Lines di Afrika Selatan.
Pada saat itu, Maersk telah memperluas operasi minyak dan gasnya juga, memulai produksi minyak di Qatar pada tahun 1994. Pembuatan kapal Maersk terus menjadi berita utama, meluncurkan kapal kontainer terbesar di dunia pada tahun 1996--kemudian memuncaki kapal itu lagi pada tahun berikutnya.
Bisnis pembuatan kapal Odensk berkembang di luar Denmark pada akhir 1990-an, mengakuisisi galangan kapal Baltija di Lithuania pada 1997 dan galangan Volkswerft Stralsund yang berbasis di Stralsund, Jerman pada 1998.
Akuisisi Sealand juga telah meningkatkan bisnis logistik perusahaan, yang dinamai Maersk Logistik pada tahun 2000, dan yang melakukan upaya akuisisi pada awal abad baru, mengakuisisi O'Neill & Whitaker dari Amerika Serikat, O'Farrells International di Australia, D'Click di Prancis, dan OY Arealog di Finlandia, semuanya pada tahun 2001.
Perusahaan mengumumkan niatnya untuk menghentikan sejumlah operasi non-inti, termasuk Bisnis otomotif Roulunds dan anak perusahaan Maersk Medical. Sementara itu, perusahaan terus menambah bisnis pelayarannya, mengakuisisi bisnis kapal Afrika Barat dari sesama pengirim barang Denmark Torm pada tahun 2002.
