Gedung ini mengadopsi konsep green building yang memanfaatkan energi alam, seperti pencahayaan dan angin. Jadi, Gedung PYCH ini kalau siang tanpa lampu masih cukup terang. Termasuk gedung asrama kalau tanpa lampu di siang hari, masih akan terang di semua sisi, karena banyak kaca dan lubang ventilasi.
Di sisi lain, desain arsitektur atap gedung utamanya terinspirasi dari rumah adat masyarakat Kota Jayapura dan Wamena, yakni atap Honai dan atap Kariwari.