Di Era Reformasi, ia ditunjuk Presiden Abdurrahman Wahid atau Gus Dur menjadi Menteri Koordinator Bidang Ekonomi, Keuangan, dan Industri pada 1999.
Pada masa pemerintahan Megawati, ia dipercaya sebagai Menteri Perencanaan Pembangunan Nasional sekaligus Kepala Bappenas (2001-2004).
Ia juga mendirikan sejumlah lembaga pendidikan seperti SMA Erlangga di Surabaya pada tahun 1954, menjadi anggota pengurus Yayasan Trisakti sejak 1968, mendirikan Institut Manajemen Prasetiya Mulya pada 1982, serta mendirikan Institut Bisnis Indonesia (IBI) pada 1987 yang kini dikenal sebagai Kwik Kian Gie School of Business.