Arema kemudian lolos ke perempat final usai mengalahkan wakil Hong Kong, Kitchee. Sayangnya, langkah Arema terhenti di perempat final usai kalah agregat 0-4 dari tim Saudi, Al-Ettifaq.
2. Semen Padang
Sama seperti Arema, Semen Padang juga berhasil menembus babak perempat final Piala AFC 2013. Bersaing dengan Kitchee (Hong Kong), Churchill Brothers (India), dan Warriors (Singapura), Semen Padang keluar sebagai juara grup dengan catatan 5 menang dari 6 laga.
Di babak 16 besar, Semen Padang berhasil melewati hadangan tim Vietnam, Da Nang. Sayangnya, Semen Padang tersingkir di babak perempat final AFC Cup 2013 usai kalah agregat 1-2 dari East Bengal (India).
Kalah 0-1 di leg pertama, Semen Padang ditahan imbang 1-1 saat bermain di Stadion Haji Agus Salim, Padang.
3. Persipura Jayapura
Adapun pada kejuaraan nomor antarklub level kedua Asia ini, prestasi terbaik klub Indonesia masih diraih Persipura Jayapura pada 2014 yang mencapai babak semifinal Zona Asia.
Bersaing dengan Churchill Brothers, Home United (Singapura) dan New Radiant (Maladewa), Persipura keluar sebagai juara grup. Persipura saat itu dimotori Boaz Solossa, Boakay Eddie Foday, Yustinus Pae, Ian Kabes, Titus Bonai, Lim Joon-sik, Gerard Pangkali, hingga Robertino Pugliara.
Di babak 16 besar, Persipura menghantam wakil Myanmar, Yangon United, dengan skor 9-2. Masuk ke 8 besar, Persipura kembali mengalahkan wakil Kuwait, Al-Kuwait, dengan agregat 8-4.
Perjalanan Persipura kemudian terhenti di babak semifinal Zona Asia usai kalah agregat 2-10 dari tim Kuwait finalis Piala AFC 2013, Al-Qadsia.