Munculnya dualisme kompetisi pada 2013, sempat membuat klub berjuluk Macan Tidar itu terjadi perpecahan. Kala itu, PT Liga Prima Indonesia Sportindo (LPIS) yang berada di bawah PSSI dengan PT Indonesia di bawah KPSI punya kompetisi beda, sehingga turut berpengaruh terhadap PPSM.
Hingga saat ini, PPSM Magelang yang berstatus sebagai salah satu klub tertua di Indonesia tidak mampu bersaing menuju kasta tertinggi sepak bola Nasional.
Kontributor: Aditia Rizki