Beberapa bulan sebelum meninggal, Ki Joko Bodo pernah dikabarkan sakit hingga tidak dapat berjalan sementara waktu.
Menurut pernyataan Ayda Prasasti pada September lalu, sang ayah sempat terkena asam urat, yang sudah lama dideritanya.
Belum diketahui pasti apa penyebab meninggalnya Ki Joko Bodo, tetapi telah diinformasikan bahwa jenazah almarhum disemayamkan di Lubang Buaya, Jakarta Timur. Ki Joko Bodo meninggal dunia di usianya yang menginjak 57 tahun.