Setelah itu, Sultan Agung membuat rencana menyerang VOC di Batavia.
Dalam kesempatan pertama, pasukan Kerajaan Mataram Islam kalah karena kurangnya perbekalan.
Sehingga untuk agresi kedua, Sultan Agung membuat strategi menyiapkan lumbung-lumbung di lokasi menuju Batavia.
Strategi rahasia inilah yang salah satunya dibocorkan Tumenggung Endranata kepada Belanda, sehingga VOC sudah siap lebih dulu.
Hasilnya sudah bisa ditebak, Kerajaan Mataram Islam gagal mengusir Belanda dari Batavia.
Puncak pengkhianatan Tumenggung Endranata terjadi saat ia mengadu domba Sultan Agung dengan saudara iparnya sendiri yaitu Adipati Pragola II, penguasa wilayah Pati.
Tumenggung Endranata memfitnah bahwa Adipati Pragola II ingin melakukan pemberontakan.
Mendengar itu, Sultan Agung menyerang Pati. Bersenjatakan tombak Kyai Baru, Sang Raja Mataram Islam memimpin sendiri penyerbuan Pati ini.
Perang pun pecah, pasukan dari dua kubu gugur bergelimpangan. Dan tombak Kyai Baru jadi alat pencabut nyawa Adipati Pragola II di tangan Sultan Agung, saudaranya sendiri.
Terdapat versi lain yang menyebutkan bahwa Sultan Agung menyerahkan tombak kepada lurah bawahannya untuk kemudian dilemparkan ke Sang Penguasa Pati.
Yang jelas, perang saudara akibat hasutan Tumenggung Endranata ini membawa kerugian besar bagi kedua kubu, baik secara materi maupun nyawa.
Setelah pengkhianatan Tumenggung Endranata terendus dan terbukti, ia ditangkap lalu dihukum mati.
Berdasarkan Serat Kandha, Tumenggung Endranata dimutilasi menjadi tiga bagian. Kepala dipancang di alun-alun Batavia, kaki dibuang ke laut Jawa, dan badannya dikubur di anak tangga Makam Raja-Raja Mataram di Imogiri, Yogyakarta.
Pengkhianatan Tumenggung Endranata membuatnya dianggap tidak layak mendapat tempat terhormat di Jawa sampai kiamat. Hingga kini bagian badan Tumenggung Endranata dipercaya setiap hari masih diinjak-injak setiap orang yang menaiki anak tangga Makam Raja-Raja Mataram di Imogiri.
