Pada 22 Desember 1948, Assaat dijadikan tawanan pemerintah Belanda dengan dibawa keluar Ibukota bersama tokoh-tokoh lain seperti Sukarno, Hatta, Sutan Sjahrir, Haji Agus Salim, Mr. Gafar Pringgodigdo, dan Komodor Suryadi Suryadarma.
Ia pun diasingkan ke pulau Bangka bersama Hatta, Gafar, dan Suryadarma. Singkat cerita, usai perjanjian Konferensi Meja Bundar (KMB) 27 Desember 1949, Assaat diamanatkan menjadi Acting (Pelaksana Tugas) Presiden Republik Indonesia di Yogyakarta hingga 15 Agustus 1950.
Dengan terbentuknya RIS (Republik Indonesia Serikat), jabatannya sebagai Penjabat Presiden RI pada Agustus 1950 selesai, demikian juga jabatannya selaku ketua KNIP dan Badan Pekerjanya.
Sebab pada bulan Agustus 1950, negara-negara bagian RIS melebur diri dalam Negara Kesatuan RI.
Yang menarik, saat Pemangku Jabatan Presiden RI, Assaat menandatangani statuta pendirian Universitas Gadjah Mada di Yogyakarta.
