TNI kemudian membalas dengan melakukan penembakan ke bagian kampung Hitadipa daerah Muara Sungai Hiyabu dan Sungai Dogabu pada 13.55 WIT selama kurang lebih 30 menit.
Almarhum Meriam Zoani atau Zanambani lalu menemui rombongan TNI di ujung lapangan terbang Hitadipada sekira pukul 14.55 WIT. Setelah didesak, wanita yang kerap disapa Mama tersebut membenarkan Pendeta Yeremia ada di kandang babi.
Sore harinya, angota TNI datang ke Kampung Taunduga. Mereka membakar bangunan kesehatan serta rumah dinas dengan klaim kalau anggota separatis bersenjata ada di tempat itu. Satu anggota TNI tewas, banyak warga terdampak.
Setelah itu, empat oknum anggota TNI mendatangi kandang babi tempat Pendeta Yerima berada, pada Sabtu (19/9/2020). Dua berjaga di Jalan Induk Kabupaten Intan Jaya, sementara dua lagi menuju kandang babi, termasuk Alpius.
Keduanya membunuh Pendeta Yeremia. Dua tembakan mengarahnya, satu ke tangan kiri, satu lagi ke arah dinding. Pendeta jatuh lalu diduga ditusuk dengan pisau tajam di bagian belakang.
Saat langit gelap, Mama datang ke kandang babi menjemput Pendeta Yeremia. Namun, Pendeta Yeremia kedapatan sudah tersungkur berlumur darah. Namun Pendeta Yeremia masih bisa berkomunikasi dan mengatakan, dia ditembak oleh orang yang sering diberinya makan.
Haris mengatakan, Pendeta Yeremia ditembak dengan senjata api standar militer. Penembakan dilakukan kurang lebih satu meter dan mengenai bagian tubuhnya, dengan satu peluru ke tangan kiri bagian atas. Pada bagian kulit, terlihat irisan lurus vertikal berkisar 7 hingga 10 sentimeter.