Mekanisme pembayaran diatur dalam Pasal 5 Ayat (3) yang menyebutkan bahwa pembayaran dalam dua termin. Pertama, setelah melakukan kegiatan tes tertulis Indeks Moderasi Bernegara dan Integritas sebesar Rp1,5 miliar paling lambat pada tanggal 10 Mei 2021.
Selanjutnya, termin kedua dibayarkan setelah BKN menyelesaikan seluruh pekerjaan. Dalam hal ini KPK wajib melunasi sisa pembayaran paling lambat 31 Mei 2021.