Nurwakhid mengungkapkan bahwa genealogi Khilafatul Muslimin itu sendiri sejatinya tidak bisa dilepaskan dari NII. Sebab sebagian besar tokoh kunci dalam gerakan tersebut merupakan mantan NII.
"Pendiri dan pemimpinnya adalah Abdul Qadir Hasan Baraja mantan anggota NII sekaligus salah satu pendiri Pondok Pesantren Al Mukmin Ngruki bersama Abu Bakar Baasir (ABB) dan lainya, serta ikut ambil bagian dalam Majelis Mujahidin Indonesia (MMI) tahun 2000," pungkas Nurwakhid.