Pada Pasal 10 diatur pembentukan sekretariat KNKT untuk mendukung kelancaran pelaksanaan tugas dan fungsi KNKT. Sekretariat KNKT berada di bawah dan bertanggung jawab secara fungsional kepada ketua KNKT dan secara administratif kepada menteri melalui sekretaris jenderal kementerian yang menyelenggarakan urusan pemerintah di bidang transportasi.
Sekretariat KNKT dipimpin oleh kepala sekretariat KNKT yakni pejabat pimpinan tinggi pratama atau jabatan struktural eselon II a.
Kemudian, Pasal 15 Perpres 102/2022 menjelaskan bahwa dalam melaksanakan tugas dan fungsinya, KNKT bersifat mandiri atau independen, obyektif dan profesional. Lalu bertanggung jawab atas obyektivitas dan kebenaran hasil investigasi kecelakaan transportasi, menaati ketentuan peraturan perundang-undangan serta menjaga kerahasiaan data, dokumen dan informasi investigasi kecelakaan transportasi.