Kemudian, di tahun 2001-2002, Penny menjabat sebagai Kepala Sub Direktorat Lingkungan Hidup. Selanjutnya, ia terpilih untuk mengemban posisi Direktur Perkotaan dan Perdesaan pada tahun 2002-2005 di Deputi Bidang Regional dan Otonomi Daerah BAPPENAS.
Inspektur Bidang Kinerja Kelembagaan juga sempat dijabat Penny pada 2005-2007. Tepatnya pada Inspektorat Utama BAPPENAS. Lanjut, dirinya menjadi Direktur Lingkungan Hidup tahun 2007-2008 di Deputi Bidang Sumber Daya Alam dan Lingkungan Hidup, BAPPENAS.
Terakhir sebelum aktif sebagai ASN, Penny menduduki posisi Direktur Sistem dan Pelaporan Evaluasi Kinerja Pembangunan Deputi Evaluasi Kinerja Pembangunan, BAPPENAS pada tahun 2008-2011.
Adapun terkait kinerjanya yang disorot publik usai gagal ginjal akut muncul dan menyerang anak-anak, hingga saat ini, baik Penny maupun pihak BPOM masih belum memberikan tanggapan.
Kontributor : Xandra Junia Indriasti