Kemudian, pada 2001-2004, ia menjabat posisi Wakil Dekan bidang akademik Fisipol Universitas Gadjah Mada. Berlanjut menjadi Dekan Fisipol pada tahun 2008-2012 dan Rektor untuk periode 2012-2014.
Sama halnya dengan Basuki, Pratikno juga menjabat posisi Menteri Sekretaris Negara selama dua periode. Pertama pada pemerintahan Presiden Jokowi dan Wakil Presiden Jusuf Kalla sejak 27 Oktober 2014.
Kemudian, pada 23 Oktober 2019 ia kembali dipercaya menjadi Mensesneg pada Kabinet Indonesia Maju pemerintahan Jokowi dan Ma'ruf Amin periode 2019-2024.
Kontributor : Xandra Junia Indriasti
