Kontras menduga hilangnya Wiji Thukul tidak terlepas dari aktivitas-aktivitas politiknya karena bersamaan dengan hilangnya aktivis yang lain menjelang jatuhnya Orde Baru.
Lembaga non-pemerintah itu juga menuntut pemerintah mencari Wji Thukul dan bertanggungjawab untuk mengungkapkan motif hilangnya Wiji Thukul serta penghilangan aktivis 98 yang lain.