Pada tahun 2008, konflik mulai muncul ketika Cak Imin dipecat Gus Dur dari posisi Ketua Dewan Tanfidz karena terlalu dekat dengan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY). Ketika itu pemerintahan SBY dinilai tak tegas terhadap kasus lumpur Lapindo, Porong, Sidoarjo.
Selain itu Gus Dur juga menyatakan tak akan memaafkan Cak Imin sebelum mempertanggungjawabkan uang Rp 14 miliar. Namun Gus Dur tak merinci Rp 14 miliar yang dimaksud. Puncak konflik itu adalah PKB terbelah menjadi kubu PKB Cak Imin dan PKB Gus Dur.
Akibat dualisme kepemimpinan itu, masing-masing kubu juga sempat mendaftarkan PKB ke Komisi Pemilihan Umum (KPU) untuk bisa ikut sebagai partai peserta Pemilu 2009. Namun pada akhirnya, PKB pimpinan Cak Imin tetap dinyatakan sebagai PKB yang sah oleh pengadilan ketika itu.
Sementara itu Gus Dur memilih tidak melawan dan perlahan meninggalkan dunia politik hingga tutup usia pada tahun 2009. Cak Imin pun menjabat sebagai Ketua Umum PKB hingga saat ini.
Kontributor : Trias Rohmadoni