Akhirnya Ketua KPK Firli Bahuri bersama tim penyidik dan Ikatan Dokter Indonesia (IDI) datang ke kediaman Lukas untuk memeriksanya pada 3 November 2022
Pada awal Januari 2023, KPK menetapkan Direktur PT Tabi Bangun Papua Rijatono Lakka sebagai tersangka yang memberi suap kepada Lukas Enembe. Tak lama, Lukas Enembe ditangkap oleh KPK di rumah makan di Kota Jayapura, Papua.
Lukas kemudian dibawa ke Mako Brimob Polda Jayapura untuk diperiksa sebelum dibawa ke Jakarta. Saat itu sempat terjadi kericuhan yang dipantik simpatisan Lukas dengan melempar batu arah personel Brimob.
Bahkan, saat Lukas akan diberangkatkan ke Jakarta di Bandara Sentani, massa simpatisan Lukas memaksa masuk ke landasan pesawat disertai aksi perusakan hingga terjadi bentrokan petugas gabungan Polri.
Massa simpatisan Lukas menyerang petugas dengan batu dan busur panah sehingga dibalas dengna tembakan peringatan yang tidak dihiraukan oleh massa simpatisan.
Hal ini berujung polisi terpaksa melumpuhkan mereka dengan tembakan hingga timbul lima orang dari massa simpatisan sebagai korban luka dan satu orang tewas tertembak.
Setibanya di Jakarta pada 11 Januari 2023, Lukas langsung dibawa ke Rumah Sakit Pusat Angkatan Darat (RSPAD) Gatot Soebroto. Pengacara Petrus Balla Pattyona mengemukakan, kliennya masih dalam keadaan sakit saat ditangkap.
