Selain RS Al Shifa, RS Indonesia di Gaza juga turut dituding menjadi pos komando dan juga titik masuk ke jaringan terowongan yang luas di bawah Kota Gaza.
Israel berdalih tidak menargetkan warga sipil dan mengklaim mengizinkan beberapa warga sipil Palestina yang terluka agar menyeberang ke Mesir untuk mendapat perawatan.