Salah satu inovasi paling terkenal dari Masjid Jogokariyan adalah manajemen keuangannya. Mereka memelopori gerakan "Saldo Infak Nol Rupiah". Konsep ini dijelaskan oleh Ustadz Salim A. Fillah, salah satu penceramah tetap di sana.
"Setiap hari, terutama setelah salat Jumat, kami memastikan saldo kas infak masjid harus habis atau nol. Dana yang terkumpul harus segera disalurkan untuk program-program kemaslahatan umat, tidak boleh diendapkan," jelasnya dalam sebuah kajian.
Prinsip ini bertujuan untuk membangun kepercayaan penuh dari jemaah, bahwa setiap rupiah yang mereka sumbangkan akan langsung dirasakan manfaatnya. Program-program seperti ATM Beras untuk kaum duafa, beasiswa pendidikan, hingga bantuan modal usaha menjadi bukti nyata dari implementasi konsep tersebut.
Manajemen yang profesional dan transparan inilah yang membuat Jogokariyan begitu dicintai dan menjadi rujukan bagi masjid-masjid lain di seluruh Indonesia.