Akibat gerakan G30S ini, Soeharto dan petinggi militer saat itu mengkambinghitamkan Partai Komunis Indonesia (PKI) sebagai pelakunya.
Akibatnya dibuatlah Gerakan Satu Oktober (GESTOK) 1965 untuk melawan anggota PKI dan simpatisannya. Hingga sekita dua juta manusia yang dicurigai berafililasi dengan PKI dibunuh tanpa pengadilan atau sebagian yang lainnya menjadi korban penyiksaan.
Hal ini diduga menjadi penyebab seorang teman asal Indonesia yang pindah ke Warsaw ini akibat penyerangan Gestok 65.