Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat (PUPR) telah melakukan pembangungan infrastruktur pendukung di 12 Kebun Raya sepanjang tahun 2016. Ke-12 Kebun Raya tersebut yakni Kebun Raya Bogor, Kebun Raya Cibinong, Kebun Raya Cibodas, Kebun Raya Purwodadi, Kebun Raya Eka Karya Bali, Kebun Raya Liwa, Kebun Raya Kuningan, Kebun Raya Baturraden, Kebun Raya Banua, Kebun Raya Balikpapan, Kebun Raya Jompie Parepare, dan Kebun Raya Kendari.
Pembangunan infrastruktur di Kebun Raya berdasarkan Nota Kesepahaman (MoU) antara Kementerian PU dan LIPI tentang Penyediaan dan Pemanfaatan Ruang Terbuka Hijau (RTH) dalam bentuk kebun raya pada tahun 2014, yang diikuti keluarnya Roadmap Pembangunan Kebun Raya sebagai Ruang Terbuka Hijau pada Kawasan Perkotaan di Indonesia Tahun 2015-2019.
“Pembangunan Kebun Raya di Indonesia juga tidak terlepas dari bagian Program Pengembangan Kota Hijau (P2KH) untuk perwujudan RTH di kawasan perkotaan. Perwujudan RTH tersebut sesuai dengan amanat Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2007 tentang Penataan Ruang, yaitu perlunya pemenuhan RTH di kawasan perkotaan sebesar 30 persen dari luas kawasan perkotaan,” kata Menteri PUPR Basuki Hadimuljono dalam keterangan resmi, Jumat (10/2/2017).
Pembangunan Kebun Raya lebih menekankan pada pelaksanaan lima fungsi kebun raya, yaitu konservasi, penelitian, pendidikan, wisata dan jasa lingkungan dan inisiasi pembangunan Kebun Raya Daerah. Dengan program tersebut, disamping menambah luasan RTH, juga memberikan manfaat bagi keberlangsungan fungsi ekologis dan sebagai tempat rekreasi/ wisata bagi masyarakat
"Kebun Raya juga diharapkan bisa menjadi daerah tampungan air dan menahan air di daratan selama mungkin saat musim hujan," kata Menteri Basuki Hadimuljono.
Pada tahun 2016, dana dukungan infrastruktur di 12 Kebun Raya sekitar Rp 182 miliar, yang digunakan untuk pembangunan fisik, ruang terbuka hijau (RTH), dan pengawasan dengan durasi selama 180 hari kalender.
