Penyebab utama penyakit GERD adalah katup kerongkongan bagian bawah yang melemah. Sehingga penyakit ini bisa membuat katup tersebut terbuka pada kondisi tertentu.
Padahal katup kerongkongan berfungsi sebagai pemisah antara bagian tersebut dengan lambung. Katup ini mestinya berada dalam posisi tertutup sehingga mencegah asam di lambung naik ke atas.