Sebagai mitra Kementerian Kesehatan, Shopee juga menerapkan kebijakan manajemen risiko yang kuat dalam hal operasional. Shopee juga telah bersertifikat ISO/IEC 27001:2013 terkait persyaratan untuk menetapkan, menerapkan, memelihara, dan terus meningkatkan sistem manajemen keamanan informasi dalam konteks organisasi.
Shopee juga menerapkan sistem keamanan yang sesuai dengan regulasi pemerintah dan berstandar global sesuai perkembangan teknologi terkini.
Shopee juga memiliki berbagai fitur yang memungkinkan pengguna bertransaksi dengan aman, seperti fitur keamanan berlapis, otentikasi wajah dan sidik jari, serta tim Customer Service yang siap siaga selama 24 jam untuk menanggapi permintaan pengguna.