PrEP termasuk obat yang minim risiko efek samping sehingga aman untuk dikonsumsi jangka panjang. Efek samping PrEP yang paling umum adalah sebagai berikut:
- muntah,
- kehilangan nafsu makan, dan
- sakit kepala.
Kondisi-kondisi di atas tidak berbahaya dan biasanya membaik dengan sendirinya seiring berjalannya waktu. Bahkan, beberapa orang yang minum obat ini tidak mengalami efek samping sama sekali.