Lalu pada 10 Oktober 2005 status kelembagaan IAIN Alauddin Makassar berubah menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Alauddinn Alauddin Makassar.
UIN Alauddin Makasar mengalami perkembangan dari lima fakutas menjadi tujuh fakultas dan satu Program Pascasarjana (PPs) berdasarkan Peraturan Menteri Agama RI Nomor 5 tahun 2006 tanggal 16 Maret 2006, yaitu:
- Fakuktas Syariah dan Hukum (FSH)
- Fakuktas Tarbiyah dan Keguruan (FTK)
- Fakultas Ushuluddin dan Filsafat (FUF)
- Fakultas Adab dan Humaniora (FAH)
- Fakultas Dakwah dan Komunikasi (FDK)
- Fakultas Sains dan Teknologi (FST)
- Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan (FIK)
- Program Pascasarjana(PPs)
Mengenai akreditasi, di tahun 2018, UIN Makassar mengantongi akreditas A dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT).
Kini di tahun 2024, UIN Alauddin Makassar resmi menyandang status Perguruan Tinggi terakreditasi Unggul berdasarkan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT).
Capaian prestisius ini diumumkan di laman Sistem Akreditasi Perguruan Tinggi Online (SAPTO) BAN PT pada Selasa 16 April 2024, dengan nilai 367.
Wakil Rektor Bidang Akademik UIN Alauddin Makassar Prof Dr Kamaluddin Abunawas M Ag mengatakan, pihaknya sangat bersyukur atas pencapaian akreditasi Unggul ini.
“Alhamdulillah ini sangat luar biasa bentuk penghargaan pemerintah kepada institusi kita dengan akreditasi unggul,” kata Prof Kamaluddin Abunawas.