Namun kepemimpinan Ali Masykur dan Yenny kata Cak Imin tidak legitimasi di mata KPU. Cak Imin juga menilai pengangkatan Yenny sebagai sekjen saat itu tidak sah karena bukan melalui Muktamar PKB.
Ia menuturkan awalnya sempat tidak mau membuka masalah internal PKB ke publik. Polemik yang terjadi di PKB saat itu membuat partai besutan Gus Dur ini nyaris gagal ikut Pemilu.
Cak Imin yang sudah diberhentikan oleh Gus Dur kemudian dipanggil kembali. Yenny kemudian dicopot dari jabatan sekjen dan kembali ke Lukman Edy.