Kunjungan Yahya ke Jerusalem menuai kecaman dan kemarahan dari kalangan pembela Palestina, meski menyatakan lawatan itu tidak mewakili posisinya sebagai anggota Wantimpres ataupun Nadhlatul Ulama.
Masyarakat yang membela Palestina menyayangkan lawatan Yahya berlangsung saat Israel melibas demonstran Palestina di Jalur Gaza. Lebih dari 120 demonstran Palestina tewas dan 3.700 lainnya luka-luka.