Tak lama setelah dipecat PSSI, tepatnya 6 Februari 2013, Habil Marati membeli saham Persibo Bojonegoro senilai Rp 10 miliar.
Seusai hengkang dari PSSI, nama Habil Marati kian meredup. Ia sempat menjadi caleg PPP dari Sulawesi Tenggara pada 2019 namun langkahnya gagal.
Saat ini, Habil Marati tak memiliki jabatan apa pun di struktur partai. Habil Marati terancam dipecat oleh PPP kalau terbukti dalam kasus pendanaan rencana pembunuhan tokoh nasional.