Namun, setelah hanya satu tahun menjabat, dia digulingkan dan dijebloskan ke penjara dalam kudeta militer yang dipimpin oleh menteri pertahanan Mesir saat itu - dan presiden saat ini - Abdel Fattah al-Sisi.
Sesaat sebelum meninggal dunia, Morsi menghadapi sejumlah tuntutan hukum, yang menurut dia dan sejumlah kelompok HAM dan pengamat independen, bermotif politik.
Tak lama setelah kudeta itu, Ikhwanul Muslimin secara resmi ditetapkan sebagai "organisasi teroris" di Mesir.
Sebelumnya, Ikhwanul Muslimin meminta PBB untuk mendesak perawatan medis yang memadai bagi mantan presiden itu, karena kondisi kesehatannya diabaikan selama penahanan.
Laporan khusus Reuters pun menunjukkan bahwa sejak al-Sisi berkuasa, lebih dari 100 orang meninggal dunia karena kelalaian medis.