Saat ini ia menjabat sebagai Katib Aam Syuriah PBNU. Ayahnya merupakan tokoh NU sekaligus salah satu pendiri Partai Kebangkitan Bangsa (PKB), KH. Muhammad Cholil Bisri.
Yahya merupakan juru bicara Presiden Abdurrahman Wahid pada tahun 1999-2001. Dirinya dikenal aktif dalam kegiatan sosial termasuk saat mendukung perjuangan rakyat Rembang dalam menolak berdirinya tambang semen di wilayahnya.
Disadur dari wawancara fnksda.or.id tahun 2015 silam, Yahya Cholil Staquf dengan tegas menolak pembangunan tambang semen tersebut karena merusak lingkungan.
"Untuk kasus penambangan semen di Rembang, ini jelas harus ditolak. Wilayah yang ada di Daerah Gunem Rembang itu harus dilindungi karena di sana ada air alam yang sangat rawan dan akan mempengaruhi hidup orang banyak dalam jangka panjang," tegas Yahya.
Yahya juga pernah menimbulkan pro kontra ketika dirinya menjabat sebagai Katib Aam Pengurus Besar Nahdlatul Ulama. Pasalnya pada Kamis (14/06/2018) lalu, ia melakukan pertemuan dengan Perdana Menteri Israel, Benjamin Netanyahu.
Informasi tersebut diketahui baik dari twitter resmi Netanyahu juga sumber situs resmi PM Israel.
"Pertemuan spesial hari ini di Yerusalem dengan Yahya Cholil Staquf, sekretaris jenderal organisasi Muslim global Nahdlatul Ulama," tulis Netanyahu di akun twitternya.
Polemik di masyarakat tak terelakkan sampai Menteri Agama Lukman Hakim Saifuddin ketika itu meminta publik menyudahi perdebatan.
"Mari kita akhiri saling cerca terkait ikhtiar Kiai Yahya Cholil Staquf," ujar Lukman melalui akun twitternya seperti dilihat Suara.com, Rabu (13/6/2018).
Baca Juga: Reshuffle Kabinet Jokowi, Sandiaga Disebut Bakal Isi Pos Menparekraf
Kecaman bahkan datang dari Palestina yang sampai hari ini masih berseteru dengan Israel.