Pemerintah juga memberikan diskresi bebas karantina dengan syarat mengajukan 3 hari minimal sebelum kedatangan kepada Satgas COVID-19 Nasional, serta kesepakatan antara kementerian atau lembaga terkait.
Mereka yang bisa bebas karantina antara lain; WNI yang berada dalam keadaan mendesak seperti memiliki kondisi kesehatan mendesak yang mengancam nyawa atau kedukaan karena anggota keluarga inti meninggal dunia.
Diskresi bebas karantina juga diberikan bagi WNA yang masuk kategori pemegang visa diplomatik dan visa dinas, pejabat setingkat menteri ke atas beserta rombongan yang melakukan kunjungan resmi kenegaraan.
Kemudian WNA yang masuk melalui skema travel corridor arrangement, delegasi negara anggota G20, dan pelaku perjalanan yang merupakan orang terhormat atau honorable person dan orang terpandang atau distinguish person.