Baidowi menilai melalui peran madrasah yang sudah terbukti nyata terhadap pembentukan generasi bangsa, maka seharusnya madrasah harus lebih diperhatikan, diperkuat dan dicantumkan dalam Undang-Undang bukan malah dihapus.
Selama ini menurut dia, sistem pendidikan madrasah sudah diakui dan berjalan sebagaimana mestinya sesuai dengan amanat UU Nomor 20 Tahun 2003.
"Jika madrasah tidak masuk dalam sistem pendidikan nasional, para siswa akan kemana, apakah akan ditampung atau dialihkan ke sekolah-sekolah di luar madrasah. Sekolah yang ada saja tidak bisa menampung seluruh calon siswa yang ada saat ini," katanya.