Sistem pendidikan yang dipakai Khilafatul Muslimin juga berbeda dengan pesantren atau perguruan tinggi umumnya. Jejang pendidikan tingkat Madrasah Ibtidaiah atau SD, Madrasah Tsanawiyah atau SMP, Madrasah Aliyah atau SMA, serta perguruan tinggi atau universitas masing-masing hanya ditempuh dalam kurun dua tahun.
"Di mana setelah menjalani dua tahun di universitas mendapat gelar SKHI, sarjana kekhalifahan Islam," ujar Hengki.
Menurut Hengki, pesantren dan perguruan tinggi yang didirikan oleh organisasi Khilafatul Muslimin ini pada dasarnya tidak sesuai dengan Undang-Undang Sistem Pendidikan Nasional (Sisdiknas) dan Undang-Undang Pesantren.
Di sisi lain, ajaran yang mereka tanamankan kepada peserta didik juga tidak sesuai dengan ideologi Pancasila dan Undang-Undang Dasar atau UUD 1945.
"Mereka mengajarkan taat hanya kepada khalifah, sedangkan kepada pemerintah itu tidak wajib. Kemudian diajarkan juga sistem yang sudah final adalah khilafah, di luar khilafah adalah togut, setan atau iblis," pungkas Hengki.
