Kehancuran PKI, membuat rezim Soekarno mulai tumbang. Lalu Maret 1966, tentara memaksa Soekarno untuk mendelegasikan kekuasaan kepada Soeharto, yang saat itu menjabat kepala staf angkatan darat. Supersemar (Surat Perintah Sebelas Maret) terbit.
Sejak saat itu, segala hal tentang PKI mulai dilenyapkan. Soeharto diangkat menjadi Presiden pada Maret 1967, sementara Soekarno meninggal dunia 21 Juni 1970.
Setidaknya ada 7 teori dibalik G30S PKI. Semua teori ini memberikan dugaan dalang Gerakan 30 September 1965.
Teori-teori ini berasal dari buku Sejarah Indonesia: Kelas 12 SMA/K MA/MAK karya Abdurakhman, Arif Pradono, Linda Sunarti dan Susanto Zuhdi; terbitan Kemdikbud tahun 2018 Edisi Revisi yang dilansir Ayo Tasik (30/9/2021).
1. Dalang G30S adalah PKI
Menurut teori ini, G30S didalangi oleh tokoh-tokoh PKI dengan cara memperalat unsur-unsur tentara.
Teori ini didasarkan dari serangkai kejadian dan aksi yang telah dilakukan oleh PKI di tahun 1959-1965. Selain itu, terjadinya beberapa perlawanan bersenjata setelah peristiwa G30S yang dilakukan oleh kelompok yang menamakan diri sebagai CC PKI terjadi di Blitar Selatan, Grobogan, dan Klaten pun menjadi penguat dugaan.
2. Dibalik G30S PKI adalah Soeharto
Baca Juga: Perbedaan G30SPKI, Gertapu dan Gestok, Kenali 3 Istilah Ini Jelang 30 September

Dalam buku yang berjudul Indonesian Tragedy, Brian May mengemukakan bahwa terdapat hubungan dekat antara Letkol Untung sebagai pemimpin G30S dengan Mayjen Soeharto yang saat itu menjabat sebagai Panglima Kostrad.