Impor limbah beracun (2004)
Pada 2006, lebih dari 1000 ton limbah beracun asal Singapura tiba di Pulau Galang, Batam, Kepulauan Riau. Perusahaan yang mendatangkan limbah beracun itu adalah PT Asia Pacific Eco Lestari (APEL) yang ketika itu dimiliki oleh Setya Novanto.
Ketika kasus ini mencuat, Setnov mengaku telah mengundurkan diri sejak 2003. Namun dalam dokumen PT APEL yang tertanggal 29 Juni 2004, politikus Partai Golkar itu disebut sebagai pihak yang menandatangani nota kerja sama dengan perusahaan Singapura.
Kontrak tersebut bahkan menyebut jumlah 400 ribu ton pupuk untuk menyamarkan limbah yang akan diimpor ke Indonesia.
Dugaan suap pekan Olah Raga nasional Riau (2012)
Mantan bendahara Partai Demokrat M. Nazaruddin pernah menyebut kalau Setya Novanto terlibat dalam kasus korupsi proyek pembangunan lapangan tembak PON di Riau pada 2012.
Setnov yang ketika itu sudah malang melintang di Komite Olahraga Nasional Indonesia, disebut menggunakan pengaruhnya untuk menekan DPR RI untuk memuluskan anggaran PON dari APBN.
Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) pernah turun tangan menanganai kasus ini dan menggeledah ruang kerja Setya Novanto pada 19 Maret 2013.
Namun ia hanya diperiksa sebagai saksi dan membantah tuduhan tersebut. Sedangkan tersangka utamanya adalah mantan Gubernur Riau, Rusli Zainal.
Baca Juga: Meriahkan HUT RI ke-78, Smartfren Gelar Perlombaan
Korupsi Pengadaan e-KTP (2013)
Masi berdasarkan kesaksian M. Nazaruddin, Setya Novanto dan mantan Ketua Umum Partai Demokrat, Anas Urbaningrum, disebut sebagai pengendali utama proyek pengadaan e-KTP.
Ketika itu Setnov disebut meminta uang jasa sebesar 10 persen kepada Paulus Tannos, pemilik PT Sandipala Arthaputra yang memenangkan tender e-KTP.
Menurut Nazaruddin, uang tersebut dibagi-bagikan kepada anggota DPR untuk memuluskan proyek e-KTP.
Sementara Setnov membantah semua tudingan yang diarahkan kepadanya. Dan dalam kasus ini kerugian negara ditaksir mendapat Rp2,3 triliun.
Walau begitu, pada April 2018, mantan Ketua DPR itu divonis pidana penjara selama 15 tahun. Setya Novanto terbukti mengintervensi proses penggunaan serta pengadaan barang dan jasa dalam proyek e-KTP.
