12 klub yang telah memenuhi syarat akan diundi ke dalam dua grup untuk fase grup dengan Undian Resmi (Official Draw). 30 pertandingan fase grup akan dimainkan dengan sistem kandang atau tandang selama lima hari pertandingan. Tim dengan peringkat pertama dan kedua dari masing-masing grup pada akhir fase grup akan lolos ke semi-final. Semifinal dan final akan dimainkan dalam format kandang dan tandang.
Informasi lebih lanjut mengenai format kompetisi, jadwal Shopee Cup™ musim 2024/25 dan klub-klub yang berpartisipasi akan dihadirkan pada Pengundian Resmi (Official Draw) yang akan diadakan pada minggu pertama bulan Mei, dengan tanggal dan tempat yang akan segera diumumkan.