Karim Khan lahir di Edinburgh, Skotlandia pada 30 Maret 1970. Ayahnya, yang adalah seorang dermatolog, lahir di Mardan, Pakistan. Ibunya, yang seorang perawat, lahir di Inggris.
Khan pernah menikah dengan Yasmin Rehman Mona, putri dari Kalifah keempat Komunitas Ahmadiyah, Mirza Tahir Ahmad. Setelah bercerai, ia menikah lagi dengan Dato Shyamala Alagendra, perempuan berdarah Malaysia.
