Menurut Gus Yahya, masalah antara PKB dan PBNU sebenarnya bukanlah masalah baru. Selama ini hubungan PBNU dan PKB berjalan baik.
Namun sejak PKB dipimpim Muhaimin, atau selama 15 tahun, hubungan PBNU dan PKB dianggap berjalan kurang baik.
“Ini berlangsung lama sudah lebih dari 15 tahun. Masalah di dalam hubungan PKB dan NU ini sudah lama sekali. Tapi selama ini belum pernah dilakukan upaya-upaya yang masif mengelolanya,” tutur Gus Yahya.