Ia berhasil lulus di usia sangat muda di semua jenjang pendidikan. Kun menamatkan pendidikan dasar pada usia 8 tahun dan masuk SMA pada usia 10 tahun.
SMP ditempuh hanya dua tahun saja. Setelah itu melanjutkan pendidikan di SMA Terunajaya dan lulus satu tahun. Awalnya Kun sempat dinyatakan tidak lulus saat mengikuti Evaluasi Belajar Tahap Akhir (EBTA) SMA pada tahun 1981. Lalu ia mengulang kelas 3 dan dinyatakan lulus pada 1982.
Kun Wardana melanjutkan pendidikan di Universitas Trisakti dengan mengambil jurusan Teknik Elektro di usia yang masih sangat muda, yakni 12 tahun. Ia kemudian lulus pada usia 18 tahun.
Setelah itu, dia melanjutkan pendidikan magister di Universitas Indonesia dengan lulus pada Tahun 1992. Ia mengambil pendidikan doktoral Insstitut Teknologi Bandung (ITB) jurusan Matematika dan Fisika dan lulus 1999.
Selain itu, Kun Wardana pernah melakukan Penelitian Internasional di bidang Neural Network dan Fuzzy Logic, Departemen Sistem Informasi, Tokyo University of Information Sciences, Jepang.
Kun Wardana juga pernah mengikuti Program Pendidikan Pekerja Sektoral dengan Fokus Khusus pada Perusahaan Multinasional, International Labour Organisation International Training Center Turin.