Kiprahnya di pemerintahan cukup panjang dan berpengaruh. Ia pernah menjabat sebagai Menteri Koordinator Bidang Ekonomi, Keuangan, dan Industri (Menko Ekuin) pada periode 1999-2000, serta Menteri Perencanaan Pembangunan Nasional (PPN)/Kepala Bappenas pada 2001-2004, keduanya di era pemerintahan Presiden Abdurrahman Wahid (Gus Dur).
Sebelum itu, beliau juga pernah menjadi anggota Dewan Pertimbangan Agung dan anggota Dewan Perwakilan Daerah (DPD). Pada tahun 2004, Kwik Kian Gie juga tercatat pernah menjabat sebagai Kepala BPPN. Selain itu, beliau juga dikenal aktif sebagai fungsionaris PDI-Perjuangan.
Kepergian Kwik Kian Gie meninggalkan duka mendalam bagi bangsa Indonesia. Warisan pemikiran dan integritasnya akan selalu dikenang sebagai teladan bagi generasi penerus.
