Zainal Mustafa adalah salah satu pihak yang melakukan perlawanan terhadap pemerintah Belanda maupun Jepang. Tak jarang dia mendapat peringatan keras dari pihak Belanda maupun Jepang.
Dia bersama tiga ulama lainnya ditangkap pihak Belanda lantaran dituduh mempengaruhi pikiran rakyat dengan ideologi pribadi. Pada 6 November 1972, KH Zainal Mustafa diangkat sebagai Pahlawan Nasional berdasar Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia No. 064/TK/Tahun 1972.***
