Semakin berkembangnya waktu, lagu ini semakin populer diberbagai kalangan dan golongan masyarakat Indonesia.
Terlebih pada tahun 1950-an, M. Arief bergabung dengan Lekra yang dimana secara tidak langsung mempunyai hubungan ideologis dengan PKI, yang menyebabkan eksistensi dan posisi lagu ini semakin dikenal oleh masyarakat Indonesia.
Namun karena keterlibatannya dengan PKI tersebut, membuat Genjer-genjer kemudian dipandang negatif oleh masyarakat Indonesia, selain itu ketika rezim Orde Baru berkuasa lagu ini ramai disebut sebagai lagu kebangsaan PKI.
Oleh karenanya, pasca peristiwa G30S, lagu ini tidak luput dari usaha penghilangan yang dilakukan pemerintah Orde Baru layaknya PKI.
Genjer-genjer dianggap sebagai produk kebudayaan PKI yang harus dihilangkan eksistensinya di Indonesia, hal ini yang kemudian dipercaya kebanyakan masyarakat Indonesia sebagai suatu kebenaran.
Setidaknya hingga saat ini pengetahuan tersebut masih langgeng berkembang dikalangan masyarakat.
Pada tahun 2017, Kivlan Zein seorang pensiunan mayor jenderal era Suharto menegaskan bahwa lagu Genjer-genjer merupakan lagu perang yang digunakan PKI.
Tidak hanya itu, Kivlan Zein juga secara terang-terangan menyebutkan bahwa lagu Genjer-genjer adalah lagu terlarang.
Melansir Suara.com, saat itu Kivlan Zein, berdasarkan informan dia, jika ada acara Seminar Pengungkapan Sejarah Tahun 1965-1966 pada hari Sabtu (16/9/2017) dan acara bertajuk Asik Asik Aksi: Darurat Demokrasi Indonesia pada Minggu (17/9/2017) di Kantor YLBHI yang berujung kerusuhan.
"Waktu saya dengar, ada yang keluar pakai lambang palu arit dari kantor LBH. Ada lagu-lagu yang dinyanyikan Genjer-Genjer. Itu lagu perangnya PKI ketika menyerang. Itu yang saya dengar," ujar Kivlan di Bareskrim Polri, Gambir, Jakarta Pusat, Selasa (19/9/2017).
Lebih jauh, Kivlan membantah menjadi dalang aksi pengepungan kantor YLBHI pada Minggu hingga Senin diri hari yang kemudian rusuh. Ia mengatakan malam itu sedang berada di luar Jakarta.
Sebelum itu, mantan Kepala Staf Komando Cadangan Strategis Angkatan Darat mengakui mendapat undangan dari koordinator aksi pada Jumat malam untuk ikut aksi menolak Seminar Pengungkapan Sejarah 1965-1966.
"Jumat malam Sabtu di Menteng 58. Datang ada undangan. Bukan memimpin tapi udangan untuk berbicara. Nah saya berbicara untuk menasihati mereka. Boleh dong saya berbicara. Jangan buat kerusuhan sesuaikan koridor hukum," kata dia.