Sejak kemerdekaan Kroasia akibat perpecahan Yugoslavia, NK Istra 191 mulai mengikuti Druga HNL, kompetisi kasta kedua di Kroasia. Mereka juga sempat terdegradasi ke kasta ketiga, alias Treca HNL.
Baru pada tahun 2001, NK Istra 1921 menjadi jawara di Treca HNL dan kembali promosi ke Druga HNL. Dua tahun berselang, mereka sukses mencatatkan sejarah baru.
NK Istra 1961 sukses lolos ke final Piala Kroasia di bawah asuhan Elvis Scoria. Meski mereka kalah dari Hajduk Split, tapi mereka sukses mencatatkan diri sebagai klub kasta kedua pertama yang sukses lolos ke final.
Semenjak saat itu, prestasinya mulai meningkat. Mereka akhirnya sukses menjuarai Druga HNL untuk promosi ke kasta tertinggi. Ini menjadi yang pertama dalam sejarah klub tersebut.
Semenjak saat itu, NK Istra 1961 nyaris selalu bertahan di kompetisi kasta tertinggi. Mereka hanya tercatat sekali terdegradasi, yakni pada musim 2006/2007, tapi berhasil kembali promosi pada 2008/2009.
Dengan demikian, NK Istra 1961 sudah berhasil satu kali menjuarai kasta ketiga Liga Kroasia, yakni pada musim 2000/2001, dua gelar juara kasta kedua pada 2003/2004 dan 2008/2009.
Adapun kiprah terbaiknya di Piala Kroasia terjadi pada 2002/2003 dan 2020/2021 ketika mereka sukses melaju ke final.
Pada edisi yang disebut terakhir itu, mereka sukses lolos ke final seusai menang 3-2 atas Rijeka di semifinal, tapi tumbang 3-6 dari Dinamo Zagreb pada partai puncak.
Saat ini, NK Istra 1961 diasuh oleh pelatih keturunan Spanyol, Gonzalo Garcia. Klub yang berjulukan Zeleno-zuti alias Hijau-Kuning ini berbasis di Stadion Aldo Drosina yang berkapasitas 9.800 penonton.
Baca Juga: Persib Luncurkan Jersey untuk Musim 2022/2023, Khas Bandung Banget
Yang terbaru juga, NK Istra 1961 sempat berganti kepemilikan pada tahun 2018. Mayoritas saham klub ini dibeli oleh Baskonia-Alaves Group, yang saat ini mengantongi 85 sahamnya.