Tahun 2020, Joko Susilo diperkenalkan sebagai pelatih kepala Persik Kediri di Liga 1. Sayangnya, musim itu terhenti akibat pandemi Covid-19 setelah hanya mencatat dua hasil imbang dan satu kekalahan.
Di musim berikutnya (2021/2022), ia menjadi pelatih pertama yang dipecat usai hasil kurang memuaskan dari lima laga awal (1 menang, 1 imbang, 3 kalah).
Pada 10 Maret 2025, Joko kembali dipercaya sebagai pelatih kepala Persinga Ngawi, sebelum akhirnya ditunjuk PSSI untuk menangani sementara Timnas Putri Indonesia jelang Piala AFF 2025.