Sebelum menstruasi, endometrium umumnya akan menebal sebagai tempat menempelnya sel telur yang sudah dibuahi. Ini akan luruh, dan keluar dari tubuh sebagai darah menstruasi.
Pada penderita endometriosis, endometrium di luar rahim juga akan menebal, tetapi tidak dapat luruh dan keluar dari tubuh.
Kondisi ini akan menimbulkan keluhan nyeri, bahkan dapat menyebabkan infertilitas.