Boston's Children Hospital juga menjelaskan kelainan pada penis bayi hipospadia ini disebabkan oleh kerusakan hormon. Saat penis berkembang di kandungan, hormon tertentu memainkan peran penting untuk membentuk uretra dan kulup.
Kerusakan pada hormon itulah yang mengganggu pembentukan penis secara sempurna, sehingga menyebabkan hipospadia pada bayi laki-laki.