Setelah jatuhnya rezim Soeharto, Gus Dur terpilih sebagai Presiden ke-4 RI pada tahun 1999 melalui proses pemilihan yang dilakukan MPR. Pemilihan Gus Dur sebagai presiden adalah awal dari era demokrasi baru di Indonesia.
Masa kepemimpinan Gus Dur sebagai presiden tak terlepas dari berbagai tantangan, termasuk konflik etnis, keamanan nasional, dan masalah ekonomi. Walau hanya menjabat selama kurang lebih 2 tahun, kebijakan-kebijakan Gus Dur meninggalkan jejak signifikan dalam upaya menjaga toleransi antaragama, mengedepankan HAM dan memperkuat demokrasi.
Pada tahun 2001, Gus Dur menghadapi tekanan politik yang pada akhirnya membuatnya mundur dari jabatannya sebagai Presiden. Setelah itu Gus Dur tetap aktif dalam berbagai kegiatan sosial dan keagamaan sampai beliau wafat pada 30 Desember 2009.
Dukungan Gus Dur untuk Prabowo tentu tak bisa diketahui kebenarannya mengingat yang bersangkutan sudah wafat. Hanya saja Prabowo mengaku dekat dengan kiai NU itu sejak lama. Bahkan Prabowo menyebut dirinya sebagai "tukang pijat Gus Dur" karena sering memijat mendiang.
Kontributor : Trias Rohmadoni