Sementara Lembaga Sandi Negara dan Direktorat Keamanan Informasi di bawah Direktorat Jenderal Aplikasi dan Informatika, Kementerian Komunikasi dan Informatika akan melebur ke dalam BSSN.
Peralatan, pembiayaan, arsip dan dokumen pada Direktorat Keamanan Informasi Kementerian Komunikasi dan Informatika dan Indonesia Security Incident Response Team on Internet Infrastructure (ID-SIRTII) dan Lembaga Sandi Negara dialihkan ke BSSN.
Untuk pelaksanaan tugas di bidang persandian saat ini masih tetap dilakukan oleh Lembaga Sandi Negara hingga selesainya penataan organisasi BSSN. Begitu pula dengan tugas bidang keamanan di Direktorat Keamanan Informasi Kementerian Komunikasi dan Informatika.
